Makam raja-raja di Imogiri dibangun pada perempat pertama abad ke-17. Foklor bercerita tentang peran Sultan Agung dalam pembangunan kompleks ini dan hubungannya dengan makam sebelumnya, yaitu Girilaya, yang terletak tidak jauh dari Imogiri.
Ruang Modular
Kompleks Makam Raja-Raja di Imogiri terdiri atas modul-modul halaman makam yang disusun menyamping satu demi satu sehingga terlihat seperti sekarang. Masing-masing modul memiliki tiga halaman yang diatur segaris ke belakang. Pada ruang teratas dimakamkan para raja, istri, dan juga keluarga terdekat. Halaman kedua yang berada di tengah merupakan ekstensi dari halaman utama, sementara halaman terbawah merupakan halaman persiapan bagi peziarah. Satu pintu gerbang menghubungkan satu halaman dengan halaman lain, juga menghubungkan halaman terbawah dengan kompleks makam secara keseluruhan.
Makam raja berada di ruang atau halaman tertinggi merupakan konsep yang umum pada pemakaman lama di Jawa. Hal ini merupakan bagian dari penghormatan kepada tokoh-tokoh penting.
Tahap Pembangunan
Pada awal pembangunan, kelihatannya hanya kompleks Sultan Agungan hingga tangga di bawahnya yang dibangun. Selanjutnya, raja-raja berikut menambahkan sayap kiri dan kanan hingga seperti sekarang.
Jika diasumsikan bahwa setiap bagian dibangun menjelang dimakamkannya seorang raja pertama pada tempat tersebut, maka urutan pembangunannya adalah sebagai berikut.
| No. | Bagian | Tahun pemakaman raja I |
| 1. | Sultanagungan | 1645 |
| 2. | Pakubuwanan | 1719 |
| 3. | Kasuwargan Surakarta | 1788 |
| 4. | Kasuwargan Yogyakarta | 1792 |
| 5. | Besiyaran | 1822 |
| 6. | Kapingsangan | 1849 |
| 7. | Saptarengga | 1931 |
| 8. | Girimulya | 1939 |
Keletakan Makam Para Raja
Kompleks makam ini terdiri atas beberapa bagian, yang terpisah antara raja-raja Mataram, raja-raja Surakarta, dan raja-raja Yogyakarta. Keluarga Kasunanan Surakarta berada di sisi kiri, sementara itu keluarga Kasultanan Yogyakarta berada di sisi kanan. [z]
| A. | Sultanagungan | ||
| Sultan Agung | 1645 | 1. | |
| Sunan Amangkurat II (Amangkurat Amral) | 1703 | 2. | |
| Sunan Amangkurat III (Sunan Mas) | 1705 | 3. | |
| B. | Pakubuwanan | ||
| Sunan Pakubuwono I | 1719 | 4. | |
| Sunan Amangkurat IV (Amangkurat Jawa) | 1726 | 5. | |
| Sunan Pakubuwono II | 1749 | 6. | |
| C. | Kasuwargan Yogyakarta | ||
| Sultan Hamengkubuwono I | 1792 | 8. | |
| Sultan Hamengkubuwono III | 1814 | 9. | |
| D. | Besiyaran | ||
| Sultan Hamengkubuwono IV | 1822 | 11. | |
| Sultan Hamengkubuwono V | 1855 | 14. | |
| Sultan Hamengkubuwono VI | 1877 | 17. | |
| E. | Saptarengga | ||
| Sultan Hamengkubuwono VII | 1931 | 19. | |
| Sultan Hamengkubuwono VIII | 1939 | 22. | |
| Sultan Hamengkubuwono IX | 1988 | 24. | |
| F. | Kasuwargan Surakarta | ||
| Sunan Pakubuwono III | 1788 | 7. | |
| Sunan Pakubuwono IV | 1820 | 10. | |
| Sunan Pakubuwono V | 1823 | 12. | |
| G. | Kaping Sangan | ||
| Sunan Pakubuwono VI | 1849 | 13. | |
| Sunan Pakubuwono VII | 1858 | 15. | |
| Sunan Pakubuwono VIII | 1861 | 16. | |
| Sunan Pakubuwono IX | 1893 | 18. | |
| H. | Giri Mulya | ||
| Sunan Pakubuwono X | 1939 | 21. | |
| Sunan Pakubuwono XI | 1945 | 23. | |
| Sunan Pakubuwono XII | 2004 | 25. |