Dalam upaya menjaga keistimewaan, berbagai lembaga budaya termasuk museum memiliki tanggung jawab penting. Museum-museum di Yogyakarta tidak hanya hadir sebagai tempat penyimpanan benda-benda sejarah, tetapi juga menjadi penjaga dan pengembang nilai-nilai budaya lokal.
Banyak museum di Indonesia yang menampilkan kapal atau perahu, baik dalam ukuran sebenarnya (kapal betulan), atau miniatur. Alat transportasi air ini ditampilkan dalam berbagai konteks, antara lain untuk menunjukkan kita sebagai bangsa bahari (dengan berbagai bentuk kapal atau perahu yang dimiliki), atau menunjukkan hubungan internasional, terutama dalam hal perdagangan.
Di Rumah Atsiri dan di Galeri Lokananta banyak hal menarik termasuk penampilan relief Candi Borobudur.
Cukup banyak museum yang menampilkan mesin ketik. Museum-museum ini biasanya bukan museum teknologi yang memang dapat bercerita tentang mesin, tentang cara kerjanya, tentang riwayat penciptaan dan perkembangannya.
